Согласен, дело совсем не из легких. Полтора месяца бегал по справочным и налоговым. Чтобы не бегать как я и понять как сдать НДС в электронном виде - читайте в статье. Там все очень подробно описано, и вам больше не придется гадать, что же делать в такой ситуации.